Oddělení pro kontrolu zákazu biologických zbraní se zabývá výkonem státního dozoru nad dodržováním ustanovení zákona č. 281/2002 Sb., a jeho prováděcí vyhlášky č. 474/2002 Sb.
V oblasti biologických agens a toxinů zodpovídá SÚJB pouze za kontrolu nakládání (evidenci). SÚJB nemá v oblasti biologie kompetence při ochraně obyvatelstva, monitorování území, při havarijní připravenosti ani při fyzické ochraně.
Každý, kdo nakládá s biologickými agens nebo toxiny uvedenými v přílohách vyhlášky č. 474/2002 Sb., je povinen (podle druhu biologického agens nebo toxinu) mít buď povolení k nakládání od SÚJB nebo deklaraci zaregistrovanou u SÚJB. Nakládáním se rozumí vývoj, výroba, použití, nabývání, držení látky a manipulace s ní, dovoz a vývoz, přeprava, popř. zničení.
Vyhláška č. 474/2002 Sb., stanovuje dva druhy biologických agens a toxinů. Je to seznam vysoce rizikových biologických agens a toxinů (VRAT) a seznam rizikových biologických agens a toxinů (RAT). S látkami VRAT je možné nakládat pouze s povolením k nakládání vydaným SÚJB. S látkami RAT lze nakládat bez takového povolení, ale za podmínek stanovených zákonem (tzn. deklarace o manipulaci s látkou zaregistrovaná u SÚJB).
Definice bakteriologické (biologické) a toxinové zbraně
Úmluva o zákazu bakteriologických (biologických) a toxinových zbraní