V oblasti zákazu chemických zbraní plní odbor úkoly, které ukládá Státnímu úřadu pro jadernou bezpečnost zákon č. 19/1997 Sb. a vyhláška č. 50/1997 Sb. K hlavním úkolům odboru podle tohoto zákona patří výkon státní správy a kontrolní činnost na území ČR.
Zákon č. 19/1997 Sb. aplikuje ustanovení Úmluvy o zákazu vývoje, výroby, hromadění zásob a použití chemických zbraní a o jejich zničení (Convention on the Prohibition of the Development, Production, Stockpiling and Use of Chemical Weapons and on their Destruction - CWC) do právních podmínek ČR, zakazuje vývoj, výrobu a dovoz chemických zbraní, stanovuje podmínky udělování licencí pro nakládání s vysoce nebezpečnými látkami, řeší povinnosti při nálezu chemických zbraní a vysoce nebezpečných látek, ohlašování stanovených látek, jejich evidenci a stanovuje druhy sankcí za porušování zákona.
Vyhláška č. 208/2008 Sb. k tomuto zákonu upřesňuje členění stanovených látek, konkretizuje podmínky nakládání s vysoce nebezpečnými látkami, stanovuje množství nebezpečných látek na které se vztahuje ohlašovací povinnost a uvádí požadavky na členění při evidenci stanovených látek. Rozděluje stanovené látky do seznamů podle jejich nebezpečnosti.
Ve vztahu k zahraničí spolupracuje odbor úzce s Organizací pro zákaz chemických zbraní (Organisation for the Prohibition of Chemicals Weapons - OPCW) se sídlem v nizozemském Haagu a plní úkoly vyplývající z dodržování Úmluvy.